Além das Comissões Permanentes, a Assembléia pode instituir Comissões Temporárias, classificadas em Especiais, de Representação e Parlamentar de Inquérito, que têm a tarefa de analisar temas específicos, por um determinado período, com a apresentação de relatório ao Plenário no fim dos trabalhos. A Comissão de Representação tem a função de tratar de um assunto pré-determinado. Ela é constituída pela Mesa Diretora através de requerimento com no mínimo oito assinaturas dos deputados. Entre as Comissões Temporárias, a mais importante é a CPI - Comissão Parlamentar de Inquérito.

Já a Comissão Especial dá parecer sobre as propostas de emenda à Constituição, Lei Orgânica, divisão territorial e estatutos.